Sì certo che può! Questo è un miglioramento significativo della sicurezza.
Il regime di safe mode limita PHP la possibilità di effettuare azioni solo su file/cartelle il cui proprietario è lo stesso che il PHP sta utilizzando al momento (generalmente 'apache'). I file di solito vengono creati dall'applicazione Joomla! o dall'accesso FTP, la combinazione delle azioni dei file PHP e l'FTP permettono a Joomla! di operare in regime PHP Safe Mode attivato.